秦汉时为雁门郡之微外地；明为蒙古族察汗部。

清为正红旗、正黄旗的北部。

民国年间归绥远省。

1949年并入绥东四旗中心旗。

1954年将正红旗、正黄旗、陶林县、集宁县各析一部分置察哈尔右翼后旗。

1955年2月，将锡林郭勒盟苏尼特右旗新民区划归察哈尔右翼后旗，1956年1月，又将新民区和土牧尔台区东方乡的苏合少、刘家沟两村划归苏尼特右旗。1957年11月，将集宁县大西沟、大六号、贲红、高茂、曹不汗、高玉梁、黄羊城划归察哈尔右翼后旗。1958年6月，将四子王旗所属海青花、三井泉、大西村、土城、明乐划归察哈尔右翼后旗。

1958年3月，撤区划乡，将32个乡镇划为22个乡镇，同年10月把22个乡镇划为6个人民公社、1个镇公社。1962年5月，将6个人民公社调整为19个人民公社。

1967年，改称察哈尔右翼后旗革命委员会。1971年，旗人民政府从土牧尔台迁往白音察干。1981年6月，察哈尔右翼后旗革命委员会改称察哈尔右翼后旗人民政府。

1984年4月，人民公社改为乡镇（苏木）人民政府，时辖21个乡（苏木）镇。

1997年，察哈尔右翼后旗辖20个乡（苏木）镇。

2000年，察哈尔右翼后旗辖2个镇、3个苏木、15个乡。

2003年，察哈尔右翼后旗辖5个镇、4个乡、5个苏木。

2006年，辖7个苏木、乡、镇，85个嘎查、行政村。

2012年，恢复大六号镇。调整后，察哈尔右翼后旗辖5个镇、2个苏木、1个乡：白音察干镇、土牧尔台镇、红格尔图镇、贲红镇、大六号镇、当郎忽洞苏木、乌兰哈达苏木、锡勒乡。